O Tocantins e pelo menos mais 12 Estados e o Distrito Federal dividem os presos por facção. As duas mais numerosas são o Primeiro Comando da Capital (PCC) e o Comando Vermelho (CV). O argumento é que a divisão tem o objetivo de garantir a segurança dos reeducandos e servidores do sistema carcerário. A Secretaria de Estado de Cidadania e Justiça (Seciju) informou que no Tocantins os detentos são separados dentro dos pavilhões de acordo com procedimentos administrativos orientados pelo setor de inteligência prisional, visando a segurança. Destacou também que os presos são monitorados diuturnamente para evitar a organização de práticas ilícitas, como também são realizadas revistas diárias dentro das unidades. A medida é bastante criticada e segundo o coronel José Vicente da Silva Filho, ex-secretário nacional de Segurança Pública e ex-comandante da Polícia Militar de São Paulo a medida pode até diminuir o trabalho que os comandos das facções têm para passar ordens aos seus seguidores. Segundo ele, a ação "é como entregar o presídio na mão da facção”. A informação de que as facções CV e PCC atuavam no Tocantins surgiu no ano de 2013,  quando teria sido achada uma carta no Presídio Barra da Grota, em Araguaína, com 43 nomes de presos que fariam parte do CV. Bilhetes, supostamente escritos por integrantes do PCC, com ameaças de morte a autoridades também foram encontrados. (As informações são do CT)