Após a divulgação do envolvimento de Carlos Gaguim na Operação Ápia, seu partido, Podemos, pediu a imediata desfiliação do deputado. No entanto, segundo o parlamentar, ele mesmo já havia comunicado que iria se afastar. O Podemos comunicou o pedido de desfiliação de Gaguim na última quarta-feira (13), dia em que foi divulgada a 6ª fase da Operação Ápia. Uma nota do partido enviada à imprensa diz que o Podemos "apoia a investigação com a ampla apuração dos crimes cometidos e a consequente responsabilização dos envolvidos, para que todos sejam punidos com o máximo rigor da Lei, independentemente de posição ou cargo ocupado" e por esta razão pede que o deputado envolvido seja desfiliado. A repercussão do pedido do Podemos fez com que Gaguim se manifestasse. Por meio de nota, o parlamentar garantiu que já havia comunicado seu afastamento à presidente do partido, deputada Renata Abreu. Segundo Gaguim, o partido foi informado sobre sua decisão no dia 5 de dezembro, ocasião em que também ficou acertada a indicação do secretário municipal de Palmas, Adir Gentil para a presidência estadual do Podemos. Ainda de acordo com o parlamentar, sua desfiliação ainda não havia acontecido em razão do encerramento da sessão legislativa, mas que já estava combinada após a votação do Relatório Final do Orçamento Geral da União para 2018.  "Sou membro titular, indicado pelo Podemos, na Comissão Mista de Orçamento. O relatório final foi aprovado dia 12 de dezembro”,  justifica Gaguim.