O juíz da 1ª Vara Criminal de Araguaína (TO), Francisco Vieira Filho, acatou, no dia 08 de junho de 2016, a denúncia do Ministério Público Estadual (MPE) e decretou a prisão preventiva do professor Rodrigo Alves Silva, 25 anos, por estupro de vulnerável. Silva é acusado de abusar sexualmente de uma criança de cinco anos, que seria sua aluna na Escola Municipal Domingos Sousa Lemos, localizada no Bairro Jardim das Flores. Na denúncia, feita no dia 18 de abril,  a mãe da criança relatou que a menina apresentou mudanças comportamentais e passou a se recusar a ir à escola. Após se queixar de dor na região genital, afirmando que teria levado um tombo na escola, a menina teria sido levada pela mãe à Unidade de Pronto Atendimento (UPA) do Setor Araguaína Sul, onde foi constatada a lesão na genitália. A menina teria então relatado à médica e à mãe que o professor a teria violentado. A equipe da UPA acionou o Conselho Tutelar, que acompanhou a menina para a realização de uma outra consulta, no Hospital Regional de Araguaína (HRA). O médico que a atendeu também confirmou que havia lesões na região genital da criança, com infecção, pigmentos de sangue e secreção. De acordo com as investigações, num primeiro depoimento, as duas colegas citadas pela menina como testemunhas do crime negaram ter presenciado o ocorrido. Já numa segunda oportunidade, na presença de suas mães, as duas teriam descrito em depoimento as circunstâncias  em que teria se dado o estupro em consonância com as informações prestadas pela vítima. Constam nos autos que, segundo elas, o professor dava uma aula de recreação quando as levou para uma 'salinha'. Chegando ao local, determinou que as outras duas meninas ficassem sentadas em um banco e levou a vítima para outro lado. A vítima narrou que "após deixar suas colegas em uma sala ao lado, retirou suas roupas e as dele também, oportunidade em que deitou sobre si e penetrou". A seguir, a menina relatou que "durante o ato, sentiu dor, chorou, mas não gritou, porque o professor colocou a mão em sua boca". Assim que o caso foi denunciado, ainda em abril, a Secretaria Municipal de Educação (Semed) informou através de nota que o professor foi afastado de suas funções até a conclusão das investigações policiais, além disso informou que foi instaurado Processo Administrativo Disciplinar para apurar os fatos, bem como ouvindo todos os funcionários da unidade. A Polícia Civil (PC) já efetuou diligências no sentido de dar cumprimento ao mandado, mas Silva não foi localizado e é, portanto, considerado foragido.